Ficocianina é uma cor azul clara característica, absorvendo luz laranja e vermelha, particularmente perto de 620 nm (dependendo de qual tipo específico ela é), e emite fluorescência em cerca de 650 nm (também dependendo de qual tipo é). A aloficocianina absorve e emite em comprimentos de onda mais longos do que ficocianina C ou ficocianina R.